W styczniu 1999 roku Morales przeszedł do Chivas de Guadalajara. Tam obok Oswaldo Sáncheza, Omara Bravo, Francisco Palencii czy też Carlosa Salcido stał się jedną z największych gwiazd drużyny. Pomimo takiego składu, zespół przez kolejne lata nie potrafił osiągnąć sukcesu i dopiero w 2006 roku Morales po raz pierwszy w karierze został mistrzem Meksyku, gdy Chivas wywalczyło prymat w fazie Apertura. Po kolejnym sezonie z klubu odszedł bramkarz Oswaldo Sánchez i Morales został mianowany nowym kapitanem zespołu. Z funkcji tej zrezygnował przed sezonem 2009/2010 na rzecz Omara Bravo. Morales był zawodnikiem zespołu z Guadalajary przez 11 lat, rozgrywając dla tej drużyny 382 ligowe spotkania, w których zdobył 66 bramek.
Po sezonie Apertura 2009 Morales odszedł z drużyny Chivas. Wiosną 2010 był wolnym zawodnikiem, natomiast w maju tego samego roku podpisał umowę z inną drużyną z miasta Guadalajara, Tecos UAG. W ciągu roku wystąpił dla Tecos w 28 meczach ligowych, zdobywając jedną bramkę – z rzutu wolnego w 5. kolejce sezonu Apertura 2010 w spotkaniu z San Luis (3:2).