Pokryto ją miedzianą blachą, a jej szczyt wieńczyła blaszana chorągiewka, która wskazywała kierunek wiatru. Na wieży umieszczony został zegar oraz dzwony, w tym Michał. W XVI w. świątynia stała się kolegiatą. Obok cmentarza otaczającego kościół zbudowano plebanię, dom mansjonarski, mieścił się tu również szpital oraz szkoła. W 1575 kościół spłonął, runęła wtedy wieża, przerażając ówczesnych mieszkańców Lublina hałasem. Kościół odbudowano, wieżę również, tym razem bez zegara. Do sześciu kaplic dobudowano siódmą. W 1653 kościół ponownie spłonął, odbudowano go dopiero w 1741.
W 1769 w wyniku burzy kościół spłonął, szczególnie uszkodzona została wieża. Farę jednak ponownie odbudowano. Po przeniesieniu biskupa z Krasnegostawu do Lublina w latach 1826-1832 świątynia pełniła funkcje katedry. Była jednak w bardzo złym stanie, więc katedrą stał się dawny kościół Jezuitów. Przeniesiono tam cudowny krucyfiks oraz przedmioty ze skarbca kościoła św. Michała. Fara popadała w ruinę i groziła zawaleniem. W 1846 podjęto decyzję o rozbiórce fary. Nie spotkało się to z żadnym sprzeciwem władz kościelnych ani lublinian. Z kościoła zabrano chrzcielnicę, dzwon Michał oraz tablicę z epitafium Sebastiana Klonowica, trafiły one do katedry lubelskiej, obraz Sen Leszka Czarnego do kościoła Kapucynów, ołtarze trafiły do podlubelskich kościołów.