Stanowisko kwatermistrza batalionu przemianowane zostało na stanowisko zastępcy dowódcy batalionu do spraw gospodarczych, płatnika na stanowisko oficera gospodarczego, zastępcy oficera materiałowego dla spraw uzbrojenia na zbrojmistrza, zastępcy oficera materiałowego dla spraw żywnościowych na oficera żywnościowego.
Zmobilizowany w 1939 batalion został włączony w struktury rezerwowej 33 Dywizji Piechoty jako II batalion 133 pułku piechoty, dzieląc losy innych jednostek SGO „Narew”.
Po odejściu batalionu przeznaczonego dla 33 Dywizji Piechoty garnizon jednostki w Niemenczynie wyposażył i doprowadził do stanu etatowego (poprzez wcielenie nowych rekrutów i rezerwistów) jednostkę na nowo od podstaw. Batalion wszedł w skład pułku KOP „Wilno”. Po odtworzeniu batalion ochraniał granicę z Litwą o długości 114,628 km. Od 17 września 1939 batalion odpierał agresję ZSRR na Polskę.