W niepodległej Polsce ks. Domachowski nadal był aktywnym działaczem społecznym i narodowym. Społeczność Podgórza z jego inicjatywy zrzeszała się w patriotycznych organizacjach, głównie śpiewaczych, teatralnych i sportowych (m.in. Towarzystwo Śpiewu „Halka”, Towarzystwo Gimnastyczne „Sokół”, Bractwo Kurkowe w Podgórzu, Podgórski Klub Sportowy, Liga Obrony Powietrznej Państwa w Podgórzu). W 1926 roku z listy Związku Ludowo-Narodowego został członkiem Rady Miejskiej Podgórza. U progu II wojny światowej organizował zbiórki pieniężne na obronność.
16 października 1939 został aresztowany przez Niemców i uwięziony na pięć dni w toruńskim więzieniu Fort VII. Po zwolnieniu mimo zakazu nie zaprzestał działalności kapłańskiej i ponownie trafił do aresztu już 2 lub 3 listopada tegoż roku. 10 stycznia 1940 został przetransportowany do obozu koncentracyjnego KL Stutthof (numer obozowy 8821). Chory na serce, zmarł w obozie 12 marca 1940.
Odznaczenia Złoty Krzyż Zasługi (8 lutego 1930).