Rozkazem dowódcy KOP z 23 lutego 1937 została zapoczątkowana pierwsza faza reorganizacji Korpusu Ochrony Pogranicza „R.3”. Batalion otrzymał nowy etat. Był jednostką administracyjną dla szwadronu kawalerii KOP „Iwieniec” i posterunku żandarmerii KOP „Iwieniec”. W wyniku realizacji drugiej fazy reorganizacji KOP, latem 1937 przesunięto 3 kompanię graniczną „Stasiewszczyzna” z batalionu „Iwieniec” do batalionu KOP „Stołpce” jako jego 5 kompanię graniczną. Budynki likwidowanej strażnicy „Morgi” nakazano rozebrać. Z dniem 15 maja 1939 batalion stał się oddziałem gospodarczym. Stanowisko kwatermistrza batalionu przemianowane zostało na stanowisko zastępcy dowódcy batalionu do spraw gospodarczych, płatnika na stanowisko oficera gospodarczego, zastępcy oficera materiałowego dla spraw uzbrojenia na zbrojmistrza, zastępcy oficera materiałowego dla spraw żywnościowych na oficera żywnościowego.
W 1939, razem z 28 batalionem odwodowym i 2 szwadronem kawalerii „Iwieniec”, utworzył pułk KOP „Wołożyn”. Jednostka posiadała własną orkiestrę wojskową.