W koszarach plutonu odwodowego był rozmieszczony jeden z plutonów kompanii odwodowej batalionu. Zarządzenie dowódcy KOP gen. bryg. Jana Kruszewskiego w sprawie zmian w kwatermistrzostwie KOP, dniem 1 kwietnia 1939 zlikwidowane zostało podkwatermistrzostwo batalionu, a sformowano kwatermistrzostwo. W związku ze zlikwidowaniem kwatermistrzostwa w pułkach „Wilno” i „Wilejka”, do batalionu przydzielono pod względem gospodarczym dowództwo pułku „Wilejka”. Z dniem 15 maja 1939 batalion stał się oddziałem gospodarczym. Stanowisko kwatermistrza batalionu przemianowane zostało na stanowisko zastępcy dowódcy batalionu do spraw gospodarczych, płatnika na stanowisko oficera gospodarczego, zastępcy oficera materiałowego dla spraw uzbrojenia na zbrojmistrza, zastępcy oficera materiałowego dla spraw żywnościowych na oficera żywnościowego.
W 1939 zmobilizowany batalion został włączony w struktury rezerwowej 35 Dywizji Piechoty jako II batalion 207 pułku piechoty, dzieląc losy innych jednostek broniących Lwowa.