W kolejnych latach klub konsekwentnie odbudowywał swoją pozycję. Sezony 2011/12, 2012/13 oraz 2013/14 przyniosły bolesne rozczarowania Kotwica trzykrotnie kończyła rozgrywki na drugim miejscu, nieznacznie przegrywając walkę o awans do IV ligi. Przełom nastąpił w sezonie 2014/15, kiedy z wyraźną, trzynastopunktową przewagą nad Concordią Murowana Goślina, Kotwica Kórnik zakończyła rozgrywki na pierwszym miejscu i awansowała do IV ligi. Od sezonu 2015/16 Kotwica Kórnik przez dziewięć lat rywalizowała na piątym poziomie rozgrywkowym w IV lidze wielkopolskiej. W tym czasie klub systematycznie się rozwijał, wzmacniał swoje struktury i stabilizował pozycję sportową. Ostatnie sezony przyniosły coraz lepsze wyniki 3. miejsce w sezonie 2021/22, 4. miejsce w sezonie 2022/23, aż wreszcie historyczny triumf w sezonie 2023/24, zakończony awansowaniem do III ligi.
W sezonie 2024/2025 Kotwica Kórnik ponownie rywalizowała na trzecioligowym szczeblu, kontynuując swoją drogę rozwoju i pisząc kolejny rozdział niemal stuletniej historii klubu.