Klub rozpoczął się swoją pierwszą kampanię w MFA League w styczniu 1933 roku zdobywając zwycięstwo 3:1 nad Sliema Rangers. Od tego czasu Hibernians zawsze uczestniczył w pierwszej lidze mistrzostw Malty i nigdy nie zostały zdegradowane do niższej ligi. Podczas II wojny światowej rozgrywki zostały zawieszone, a w sezonie 1944/45 mistrzostwa wznowione i klub ponownie startował w pierwszej lidze. Przed rozpoczęciem sezonu MFA League ogłosiła nowe reguły, zgodnie nowych zasad jeden rejon mógł być reprezentowany w lidze tylko przez jeden zespół. Zdecydowano zjednoczyć dwa czołowe kluby piłkarskie w sąsiednich Paola oraz Tarxien, chociaż obie miejscowości były zawsze odrębne i ta reguła ich nie dotyczyła. W wyniku tej fuzji połączyły się kluby Hibernians FC oraz drugoligowy Rainbows FC. Potem do fuzji dołączyły się również kluby Hibernians Athletic Club oraz trzecioligowy Little Hibernians. W 1949 fuzja rozpadła się.