Jedna pomyłka w rozpoznawaniu mundurów wpłynęła na losy bitwy. W szczytowym momencie walk o Henry House Hill dwie baterie federalne wybijały wyrwy w liniach konfederackich. Ubrany na granatowo pułk wyłonił się spośród drzew o 70 jardów na prawo od dwóch z dział. Sądząc, że to wsparcie piechoty o które proszono, artylerzyści wstrzymali ogień na chwilę, podczas której pułk, który okazał się być 33. Wirginii, uniósł karabiny do ramion i dał salwę. Działa zostały pozbawione załogi, a atak federalny na tym odcinku stracił spójność.
Kontratak Południa Późnym popołudniem północna armia straciła jakąkolwiek spójność, jaką w ogóle miała, gdy pułki kontynuowały walkę pojedynczo, maruderzy zaczęli się wymykać na tyły, a McDowellowi nie udało się wprowadzić dwóch rezerwowych brygad do akcji. Johnston i Beauregard dla odmiany rzucili do walki wszystko co mieli, wliczając w to czwartą, ostatnią brygadę z Doliny, która około 16:00 prosto z pociągów pomaszerowała do walki. W tym momencie rebelianci mieli porównywalną liczbę ludzi w bezpośredniej strefie walki (około 18 000 ostatecznie brało udział w bitwie po każdej stronie) i zdecydowaną przewagę w wypoczętych żołnierzach. Większość pułków Unii maszerowała i walczyła przez większą część 14 godzin, prawie bez posiłku i wody w gorący, duszny dzień.