Podczas wojen religijnych Ludwik zajmował chwiejne stanowisko. Namowy żony skłaniały go ku hugenotom, ale ostatecznie pozostał przy katolicyzmie. W 1562 r. został gubernatorem Turenii i Andegawenii z zadaniem rozprawienia się z protestantami. W 1563 r. odbił z rąk hugenotów Angoulême i Cognac. Uczestniczył w bitwie pod Jarnac w 1569 r. W 1570 r. został gubernatorem Bretanii. Brał udział w masakrze w nocy św. Bartłomieja. Później walczył z protestantami w Poitou. Zmarł w 1582 r.
W 1538 poślubił Jakobinę de Longwy (zm. 1561), córkę Jana IV de Longwy, barona de Pagny, i Joanny d’Angoulême, nieślubnej córki Karola de Valois, hrabiego d’Angoulême, siostry przyrodniej króla Franciszka I. Ludwik i Jakobina mieli razem syna i pięć córek: Franciszka (1539–1587), żona Henryka-Roberta de La Marc, księcia Sedanu Anna (1540–1572), żona Franciszka II, księcia de Nevers Joanna (1541 – 6 czerwca 1620), zakonnica w Jouarre Franciszek (1542 – 4 czerwca 1592), książę de Montpensier Charlotta (1547 – 6 maja 1582), żona Wilhelma I Milczka, księcia Oranii i stadhoudera Republiki Zjednoczonych Prowincji