W 1697 r. arcybiskup Codde został wezwany do Rzymu. Przybył tam w 1699 r. i był przesłuchiwany przez komisję kościelną ks. Giovanniego Battisty Bussi. Podczas śledztwa odmówił potępienia pięciu zdań z dzieła Augustinus, które Kościół katolicki uznawał za heretyckie. Następnie wyjechał do Holandii. 7 maja 1702 r. za swoje zachowanie podczas pobytu w Rzymie i odmowę uznania jansenistycznych tez za herezję został suspendowany i odsunięty od pełnienia funkcji wikariusza apostolskiego. Jego stanowisko zajął mianowany przez Stolicę Apostolską, Theodorus de Kock.
Petrus Codde nie podporządkował się decyzjom Kurii Rzymskiej i nadal sprawował swoje funkcje. W konflikcie z papieżem wsparła go znaczna część wiernych, kapituły katedralne i diecezjalne duchowieństwo holenderskie. Doprowadziło to w 1704 r. do ekskomuniki arcybiskupa Sebasty.
Następstwa konfliktu arcybiskupa z Rzymem Spór Petrusa Codde ze Stolicą Apostolską o stanowisko wobec nauk jansenistycznych miał kluczowe znaczenie w procesie powstania niezależnego od Rzymu Kościoła Utrechtu. Śmierć niepogodzonego z papieżem arcybiskupa w 1710 r.