Szczególnie duże znaczenie procesy te miały dla dolin Nysy Kłodzkiej, Ścinawy Niemodlińskiej i Odry.
Najwyżej położone tereny w granicach Borów Niemodlińskich są zlokalizowane w mikroregionie Wału Niemodlińskiego, który miejscami wypiętrza się na wysokość przekraczającą 200 metrów n.p.m.
Wody Przeważająca część obszaru należy do zlewni Ścinawy Niemodlińskiej, natomiast wschodni fragment Borów Niemodlińskich odwadniany jest przez Prószkowski Potok. Wszystkie cieki wodne mają tu charakter nizinny. Ogólna powierzchnia zbiorników wodnych na obszarze Borów Niemodlińskich wynosi 807 ha.
Fauna Bory Niemodlińskie zamieszkane są przez typowy dla Niżu Śląskiego zespół zwierzęcy. Znajdują się tu ważne ostoje lęgowe bąka, łabędzia niemego, gęsi gęgawy, mewy śmieszki, bociana czarnego, cietrzewia oraz ptaków łownych. Rewelacją ornitologiczną było wykrycie w leśnictwie Chrzelice gnieżdżenia się rzadkiej sowy włochatki – gatunku występującego w lasach górskich. W Borach Niemodlińskich znajdują się jedne z ostatnich w Polsce stanowiska żółwia błotnego.