mongoliensis do grupy Mesonychia, wymarłej grupy kopytnych drapieżników spokrewnionych ze współczesnymi parzystokopytnymi; Frederick S. Szalay i Stephen Jay Gould (1966) utworzyli dla niego odrębną podrodzinę Andrewsarchinae w obrębie rodziny Mesonychidae. Taką jego klasyfikację zakwestionował Leigh Van Valen (1978), który uznał A. mongoliensis za przedstawiciela podrodziny Triisodontinae, którą z kolei zaliczał do rodziny Arctocyonidae. W późniejszych publikacjach część autorów zaliczała Andrewsarchus do rodziny Mesonychidae, a inni – do rodziny Arctocyonidae i podrodziny Triisodontinae. McKenna i Bell (1997) zaliczyli Andrewsarchus do Triisodontinae, jednak wyłączyli tę podrodzinę z Arctocyonidae i podnieśli ją do rangi osobnej rodziny Triisodontidae, którą zaliczyli do Mesonychia.