W zimie 2004 Jacobsen wrócił do Danii i został zawodnikiem FC København. W rundzie wiosennej pomógł klubowi w wywalczeniu mistrzostwa Danii, a także zdobyciu krajowego pucharu. W 2005 roku został wicemistrzem kraju, ale zarówno w sezonie 2005/2006 jak i 2006/2007 wywalczył kolejne tytuły mistrza. W sezonie 2006/2007 wystąpił z FCK w rozgrywkach grupowych Ligi Mistrzów, ale zespół zajął w nich ostatnie miejsce. Latem 2007 Jacobsenowi skończyła się umowa z FCK i trafił do 1. FC Nürnberg, podpisując roczny kontrakt. W 2008 roku spadł ze swoim klubem do drugiej ligi.
W sierpniu 2008 na zasadzie wolnego transferu przeszedł do angielskiego Evertonu. Przez cały sezon w tym zespole rozegrał pięć ligowych meczów i pod koniec czerwca 2009 roku przeszedł do Blackburn Rovers. W nowym klubie zadebiutował 15 sierpnia w ligowym meczu z Manchesterem City. W 2010 roku został zawodnikiem West Ham United. Natomiast od 2011 roku do 2014 ponownie bronił barw FC København. Latem 2014 przeszedł do En Avant Guingamp, gdzie podpisał dwuletnią umowę. W 2016 zakończył karierę.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki Rozgrywki Europy Mecze Bramki 1996/97 Odense BK
Superligaen 5 0
1997/98 Odense BK
Superligaen 15 0
1998/99 Odense BK
1.