Od 1930 roku Nanke prowadził również wykłady z historii dyplomacji na studium dyplomatycznym otwartym na Wydziale Prawa UJK. W 1936 roku uruchomił seminarium z historii dyplomacji i praktyki dyplomatycznej. W 1938 roku został profesorem tytularnym UJK..
Po wybuchu II wojny światowej i wkroczeniu wojsk sowieckich do Lwowa Czesław Nanke pozostał we Lwowie i zaangażował się w tajne nauczanie. Udzielał lekcji historii na tajnych kompletach. Po ataku III Rzeszy na ZSRR w 1941 roku i zajęciu Lwowa przez wojska niemieckie Nanke znalazł pracę w Zarządzie Domów Mieszkalnych. Prowadził wykłady z historii dyplomacji na Podziemnym Uniwersytecie Jana Kazimierza w ramach reaktywowanego studium dyplomatycznego. Po ponownym wkroczeniu Armii Czerwonej do Lwowa w lipcu 1944 roku Nanke w obawie przed aresztowaniem schronił się na wsi pod Tarnowem. W 1945 roku przeniósł się do Tarnowa, gdzie znalazł zatrudnienie w Liceum Handlowym jako nauczyciel historii. Lekcje prowadził także w Liceum Ogrodniczym w Gumniskach.