W analizie kladystycznej przeprowadzonej przez Bensona (2010) magnozaur znajduje się w politomii z eustreptospondylem oraz kladem obejmującym wszystkie pozostałe megalozaury, co potwierdza wcześniejsze hipotezy o jego przynależności do Megalosauridae. W 1932 roku von Huene do rodzaju Magnosaurus zaliczył znany z jednego zęba gatunek M. lydekkeri. Ząb ten nie ma jednak cech diagnostycznych, dlatego jest on przez większość autorów uznawany za nomen dubium, a jego zaliczenie do Magnosaurus nie jest uprawnione.
Magnozaur był stosunkowo niewielkim przedstawicielem Megalosauridae – kość piszczelowa OUMNH J.12143/2 mierzy 49 cm długości i jest porównywalna z piszczelami piatnickizaura, u którego mierzą one 49–51,5 cm (okazy MACN CH 895 i PVL 4073), co sugeruje, że oba te teropody osiągały zbliżone rozmiary. Staw biodrowy magnozaura znajdował się na wysokości około 1 m nad ziemią. Masę piatnickizaura oszacowano na 504 kg (choć szacunki przeprowadzone inną metodą mogą dawać wyższe rezultaty), a magnozaur miał prawdopodobnie zbliżoną masę ciała.