W 1994 r. został jednym z whipów opozycji, a rok później stał się jej głównym rzecznikiem ds. handlu i przemysłu. Po dojściu jego partii do władzy w 1997 r. został parlamentarnym podsekretarzem stanu, a następnie ministrem stanu w Departamencie Lorda Kanclerza (resorcie sprawiedliwości). W 1999 r. był krótko ministrem stanu w ministerstwie spraw zagranicznych, a następnie otrzymał nominację na ministra obrony. W 1999 r. został członkiem Tajnej Rady.
Jako kierownik resortu obrony poparł w 2003 r. amerykańską inwazję na Irak. Po opublikowaniu raportu Huttona, uznającego informacje o irackiej broni biologicznej za niewiarygodne, domagano się dymisji Hoona. Hoon pozostał jednak na swoim stanowisku. 21 lipca 2004 r. ogłosił plan reorganizacji Brytyjskich Sił Zbrojnych.
Po wyborach z 2005 r. został Lordem Tajnej Pieczęci i przewodniczącym Izby Gmin. W maju 2006 r. powołano go na urząd ministra stanu ds. europejskich. 28 czerwca 2007 r. nowy premier Gordon Brown powierzył mu kierowanie zespołem whipów partii rządzącej, co tradycyjnie wiąże się ze stanowiskiem rządowym parlamentarnego sekretarza skarbu (co oznacza jednego z wiceministrów w resorcie finansów). W październiku 2008 r. Hoon został przeniesiony na stanowisko ministra transportuLive text - Brown's reshuffle, BBC News.