Kilka tygodni później w Pucharze Gibsona (Gibson Cup) Linfield przegrał 1:3 z Lisburn Distillery, co było pierwszą przegraną, jaką klub poniósł na własnym boisku po serii niemal 50 meczów bez porażki.
Linfield odniósł w tym sezonie jeszcze dwa sukcesy - wygrał Puchar Ligi (Irish Football League Cup) pokonując 3:0 na Windsor Park Glentoran oraz zwyciężył w turnieju County Antrim Shield pokonując 2:1 w finale na stadionie Seaview klub Ballymena. W 2006 roku Linfield dotarł do półfinału turnieju Setanta Cup, gdzie wyeliminowany został przez późniejszego triumfatora i lidera ligi irlandzkiej (Football League of Ireland), klub Drogheda United. Wcześniej w tych samych rozgrywkach Linfield zdemolował swego odwiecznego rywala Glentoran aż 6:0 - było to najwyższe zwycięstwo nad Glentoranem od ponad trzech dekad.
Pokonując 6 maja 2006 klub Glentoran w stosunku 2:1 Linfield po raz kolejny zdobył Puchar Irlandii Północnej (Irish Cup). Obie bramki (po jednej w każdej połowie) zdobył najlepszy strzelec klubu Peter Thompson. Zdobył on w sezonie 48 bramek, stając się jednym z najbardziej skutecznych strzelców w Europie.