Okres Polski Ludowej 6 stycznia 1946 zorganizowano pierwsze nabożeństwo po wojnie. Odbyło się ono w prywatnym mieszkaniu Ludwika Szenderowskiego (juniora) na Pradze, przy ul. Czynszowej. Uczestniczyło w nim tylko 6 osób, ale kolejne zebrania były coraz liczniejsze. Gdy liczba sięgnęła 50-60 osób, zaczęto poszukiwać budynku na spotkania. Jeszcze w tym samym roku wyremontowano i otwarto kaplicę przy ul. Targowej 71. Zbór rozwijał się: powołano do istnienia chór oraz szkołę niedzielną dla dzieci. Działalnością zboru w tym okresie kierowali Ludwik Szenderowski jr. oraz Franciszek Więckiewicz. W 1950 rozpoczęły się represje komunistyczne i aresztowania przywódców Zjednoczonego Kościoła Ewangelicznego (ZKE), którego częścią był zbór. Władze zamknęły również kaplicę. Po dwóch latach represje ustały, nie udało się jednak odzyskać budynku przy ul. Targowej 71. W zamian przydzielono zborom ewangelicznych chrześcijan oraz wolnych chrześcijan (którym odebrano kaplicę przy ul. Poznańskiej 13) lokal przy al. Jerozolimskich 99/37. Działalnością połączonego zboru działającego w ramach ZKE kierował Franciszek Więckiewicz, później wspólnie ze Stanisławem Krakiewiczem. W 1969 roku władze ZKE przekazały zborowi w trwały zarząd i użytkowanie nowo wybudowaną kaplicę przy ul.