W ramach reformy od lipca 2000 roku powołano: Region Północny i Region Południowy.
thumb|Samolot bojowy Dassault Rafale
Maszyny Rafale wyparły samoloty Mirage F1, Jaguar, Mirage 2000C, Mirage IV oraz F-8, Super Etendard i Etendard IVP.
W 2006 roku zmieniono oznaczenia samolotów. Dotychczasowo wskazywały one na przynależność do eskadry i dywizjonu. Np. 2-EF oznacza 2 pułk 1 dywizjonu "Cigonges" (E). Kolejna litera oznaczać miała samolot w dywizjonie według ICAO. Obecnie numer poprzedzający przynależność eskadry został zmieniony na numer bazy lotniczej, który jest każdorazowo zmieniany w przypadku przebazowania.
Francuska doktryna odstraszania, nie zmieniła swoich głównych celów od 1964 roku, a jedynie zmieniono cele strategiczne ze względu na zakończenie okresu zimnej wojny. Głównym zadaniem jest obrona niepodległości, zapewnienie spokoju i obrona interesów Francji.
Od 2008 roku weszła w życie reforma organizacyjna, w ramach której zlikwidowano 12 baz lotniczych, zmniejszono liczbę dowództw z 14 do 7.
W 2010 zlikwidowano regiony lotnicze, zastępując je dowództwami.