W 2006 roku podpisał kontrakt z CS Sedan. Rozegrał dla niego łącznie 21 ligowych pojedynków i zdobył jednego gola.
W 2008 roku Cissé odszedł do Nîmes Olympique, a po sezonie w Ligue 2 zakończył karierę.
Kariera reprezentacyjna Aliou Cissé grał w piłkarskiej reprezentacji Senegalu od 1995 roku. Był jednym z piłkarzy, którzy na Mistrzostwach Świata 2002 dotarli do ćwierćfinału. W senegalskiej reprezentacji grał z numerem 6.
Kariera trenerska left|mały|Cissé podczas Pucharu Narodów Afryki 2023|289x289px W lutym 2012 roku, po zwolnieniu selekcjonera reprezentacji Senegalu Amary Traoré, Aliou Cissé wraz z Karimem Ségą Dioufem był tymczasowym szkoleniowcem reprezentacji. W lipcu 2012 opiekę nad kadrą przejął Joseph Koto.
W latach 2013–2015 Cissé prowadził reprezentację Senegalu do lat 23.
5 marca 2015 Cissé podpisał czteroletni kontrakt na samodzielne prowadzenie reprezentacji Senegalu. Awansował z nią do Pucharu Narodów Afryki 2017. W 2018 wystąpił na Mistrzostwach Świata w Rosji, gdzie Senegal zakończył zmagania w fazie grupowej. Rok później, awansował do Pucharu Narodów Afryki 2019, gdzie ostatecznie doprowadził swoją drużynę do srebrnego medalu.