Średnie opady wynoszą 557 mm rocznie, przy czym na lato przypada tylko 40 mm.
Budowa geologiczna Vis powstał około 30 tys. lat temu. Skały, z których jest zbudowany, pochodzą głównie z ery mezozoicznej oraz paleogenu. Dominują wapienie i dolomity z okresu jury i kredy, dzięki czemu jest tutaj kilka jaskiń, charakterystycznych dla tego typu skał: Krajlična, Titova (miejsce schronienia Josipa Broz Tito w czasie II wojny światowej) oraz Zelena i słynna Błękitna jaskinia na pobliskich wyspach Ravnik i Biševo. Przeważa krawędziowa rzeźba terenu, w centralnej części wyspy są niewielkie obszary równinne.
Część zachodnia wyspy jest znacznie wyższa: trzy szczyty przekraczają 500 m n.p.m. Są to: Hum, Orlovica (566 m n.p.m.) i Mali Hum (514 m n.p.m.). Dominuje wybrzeże klifowe, ale jest tutaj też kilkanaście plaż i dwie duże zatoki: sv. Juraja na północny i Komiža na zachodnim wybrzeżu. Wyspa była kiedyś połączona z kontynentem, o czym świadczą znajdywane na niej szkielety zwierząt nie występujących na wyspach dalmatyńskich. Na wyspie jest niewiele źródeł wody pitnej i znajdują się one głównie w okolicach miasta Komiža (źródła Kamenica, Pizdica i inne).