W Republice Zjednoczonych Prowincji Franciszek również nie cieszył się wielkim poparciem. Holandia i Zelandia nie uznały jego władzy, a lud Niderlandów patrzył podejrzliwie na francuskiego katolika. Wilhelm Orański był powszechnie krytykowany za swoją "francuską politykę". Franciszek również był rozczarowany niewielkim zakresem swojej władzy. Gdy w 1582 r. do Niderlandów przybyły francuskie posiłki, postanowił zdobyć oporne miasta Antwerpię, Brugię, Dunkierkę i Ostendę.
thumb|Franciszek, jego siostra Małgorzata i nieznany mężczyzna thumb|left|Herb Franciszka jako księcia Andegawenii 17 stycznia 1583 r. Franciszek ze swoim wojskiem zjawił się pod Antwerpią. Próbował uśpić czujność mieszczan, prosząc o pozwolenie na przemaszerowanie przez miasto w celu oddania honorów jego mieszkańcom. Obrońcy Antwerpii wyrazili zgodę, jednak kiedy wszyscy Francuzi weszli do miasta, zamknęli bramy i zaatakowali oddział Franciszka. Francuzi zostali zasypani z dachów i okien kamieniami, głazami, a nawet ciężkimi naczyniami. Ogień otworzył również garnizon miasta. Tylko niewielkiej liczbie Francuzów, łącznie z Franciszkiem, udało się uciec. 1500 ludzi zginęło w walkach ulicznych lub zostało powieszonych przez lud Antwerpii.