W XIX w., obok przebudowy wielu partii na potrzeby nowego zgromadzenia, na miejscu starszego wzniesiono wzdłuż ulicy neogotyckie skrzydło południowe z charakterystyczną wysoką wieżą (1897-1899). thumb|Wieża Mestwina

Wyposażenie Płyta nagrobna mieszczanina Arnolda Lischorena zmarłego w 1275 r., przywieziona z Flandrii jest jednym z najstarszych zabytków rzeźby na Pomorzu. Przed połową XIV w. powstały zworniki sklepienne, a w połowie wieku malowidła ścienne na emporze zakonnej – cykl Pieśni nad pieśniami, o mistycznej ikonografii, wyjątkowej w skali europejskiej (ich treści badał m.in. prof. Jeffrey Hamburger). Figura Chrystusa w grobie - Ukrzyżowanego (o ruchomych ramionach), ze schyłku XIV w., zapewne została przeniesiona z kościoła franciszkanów. Z czasów ksieni Mortęskiej pochodzą organy, których prospekt malował malarz Jan Krüger w 1619 r. On też malował portrety dobrodziejów zakonu. Zachowały się ponadto manierystyczne stalle z 1595 r., intarsjowana ambona (1596-1597), kamienne epitafium zakonne (1599) i portal południowy świątyni (1619). W połowie XVII w. pojawiły się interesujące obrazy MB Bolesnej (Pietà) i malowana na blasze Madonna z Dzieciątkiem oraz wizerunek matki Mortęskiej z 1658 r.