Reaktywacja czerwono-czarnych nastąpiła w 2000 roku, gdy zespół przystąpił do rozgrywek w klasie A (klasa nr 6). W sezonie 2000/2001 z kompletem 20 zwycięstw wywalczył promocję do klasy okręgowej (klasa nr 5), gdzie (w rozgrywkach 2001/2002) zdobył kolejne mistrzostwo i awans, tym razem do IV ligi opolskiej (klasa nr 4). Na tym szczeblu rozgrywek występował przez 6 kolejnych sezonów 2002/2003–2007/2008, gdzie z wyjątkiem pierwszego z wymienionych, plasował się w dolnej części tabeli. Po sezonie 2007/2008 nastąpiła reorganizacja rozgrywek piłkarskich w Polsce, w wyniku której Start, choć utrzymał się w IV lidze opolskiej, de facto znalazł się w piątej – hierarchicznie – klasie rozgrywkowej. Już w premierowym sezonie 2008/2009 zespół wywalczył wicemistrzostwo ligi, równoznaczne z awansem do III ligi śląsko-opolskiej (klasa nr 4). W III-ligowym towarzystwie (sezon 2009/2010) namysłowianie spędzili tylko rok. W rozgrywkach tych zajęli 15. miejsce (ostatnie), oznaczające degradację do IV ligi opolskiej (klasa nr 5). W niej (sezon 2010/2011) Start zajął drugie miejsce, ustępując jedynie TOR Dobrzeń Wielki i wracając do III ligi. Po kolejnych trzech sezonach w III lidze opolsko-śląskiej zespół spadł do IV ligi opolskiej (na koniec sezonu 2013/14).