pozycję.
W 2004 roku za 4,5 miliona euro Bordon przeszedł do Schalke 04, a do zespołu z Gelsenkirchen ściągnął go trener Jupp Heynckes. W Schalke Brazylijczyk zadebiutował 14 sierpnia w wygranym 2:1 spotkaniu z 1. FC Kaiserslautern i od początku sezonu zaczął grać w pierwszej jedenastce. Wywalczył wtedy swoje drugie w karierze wicemistrzostwo Niemiec, a w sezonie 2005/2006 wystąpił w rozgrywkach Ligi Mistrzów. W lidze Schalke zajęło 4. pozycję. Na początku sezonu 2006/2007 Bordon został mianowany kapitanem zespołu. Wystąpił w 1. rundzie Pucharu UEFA, ale zespół z Zagłębia Ruhry odpadł po dwumeczu z AS Nancy. W Bundeslidze natomiast do końca sezonu rywalizował z zespołem o mistrzostwo kraju, ale ostatecznie jego zespół okazał się gorszy od VfB Stuttgart i zakończył rozgrywki na 2. pozycji.