W latach dwudziestych i trzydziestych XX wieku pełnił też w KUL funkcje administracyjne (dziekana i prodziekana Wydziału Prawa Kanonicznego i Nauk Moralnych; dziekanem był w latach 1928–1931 i 1935–1937).
Pod jego kierunkiem stopień naukowy doktora otrzymali m.in. ks. Marian Myrcha (1935) i ks. Franciszek Bogdan (1939).
Z pomocy prawnej Jana Rotha korzystał często biskup Sapieha oraz nuncjusz apostolski Achille Ratti (późniejszy papież Pius XI), a po nim Francesco Marmaggi.
Po wybuchu II wojny światowej został rektorem jezuickiego Collegium Bobolanum w Lublinie. Aresztowany 2 lutego 1940 przez Gestapo wraz z grupą swych podwładnych i współpracowników, po czterech miesiącach (6 czerwca, kilka dni przed wywiezieniem pozostałych do KL Sachsenhausen) zwolniony. Przez pewien czas przebywał u sióstr zakonnych w Nowym Mieście nad Pilicą, później trafił do Warszawy, gdzie kontynuował swą pracę dydaktyczną, od 1943 m.in. również w ramach Tajnego Uniwersytetu Ziem Zachodnich. W Warszawie przeżył powstanie, a po jego upadku trafił do obozu przejściowego w Pruszkowie, z którego ciężko chory i wyczerpany został wyprowadzony do domu zakonnic Zgromadzenia Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia w Walendowie, gdzie zmarł.