Euclides rozpoczął naukę w 1874 roku w Colégio Caldeira w São Fidélis. W 1877 roku przeprowadził się do Salvadoru i zamieszkał z dziadkami ze strony ojca. Naukę kontynuował w Colégio Carneiro Ribeiro. W 1879 roku wrócił do Rio de Janeiro, podejmując naukę kolejno w szkole anglo-amerykańskiej, w Vitório da Costa e Meneses Vieira i Externato Aquino. 4 grudnia 1884 roku opublikował swój pierwszy artykuł w dzienniku O Democrata. Pismo to założył wraz z kolegami. W tym samym czasie napisał tomik poezji pt. Ondas, który nie został wydany.
W 1885 roku, w wieku 19 lat Euclides da Cunha rozpoczął naukę na politechnice, jednak z powodu problemów finansowych musiał przenieść się do darmowej szkoły wojskowej Escola Militar da Praia Vermelha. Pisał wówczas artykuły do szkolnej gazety A Família Acadêmica.
4 listopada 1888 roku podczas wizytacji szkoły przez ministra wojny Tomása Coelho, Euclides da Cunha w ramach protestu przeciwko monarchii, złamał swoją szablę. Za ten incydent został wyrzucony ze szkoły.
W 1889 roku udał się do São Paulo, gdzie zatrudnił się w dzienniku O Estado de São Paulo, a w swoich artykułach bronił idei republikańskich.