Gdy Niemcy dowiedzieli się o jego zdolnościach – został głównym fotografem obozowym. Od 5 lutego 1941 był zatrudniony w specjalnym komandzie rozpoznawczym Wydziału Politycznego (gestapo), którym kierował Bernhard Walter. Wykonywał tam portrety nowo przybyłym więźniom, przeznaczone do kartoteki obozowej. Każdemu więźniowi Brasse robił serię trzech zdjęć: w nakryciu głowy, en face, a potem z profilu. Zdarzało się, że przez noc robił ich tysiąc, albo więcej, bo nad ranem przyjeżdżał następny transport. Oprócz tego fotografował wszystko: od pracy więźniów przez prywatne spotkania Niemców z rodzinami i doświadczenia medyczne. Jak sam szacuje wykonał ok. 50 tys. zdjęć. Był szanowany przez Niemców pracujących w obozie, bo zależało im na ładnych zdjęciach wysyłanych rodzinom, dzięki czemu w czasie całego swojego pobytu w obozie, miał najlepsze ze wszystkich więźniów warunki do życia. Poznał również Josefa Mengele – osławionego „Anioła Śmierci”, którego zapamiętał jako człowieka grzecznego. Podczas ewakuacji obozu zignorował rozkaz spalenia wszystkich zdjęć, dzięki czemu ocalało ponad 40 tys. fotografii. Były one później dowodami w procesach hitlerowców. Został ewakuowany do obozu Mauthausen-Gusen, gdzie doczekał końca wojny i wyzwolenia.