W 2017 r., ze względu na różnice światopoglądowe pomiędzy António José da Costa Raposo a resztą biskupów WCNCC, arcybiskup zrezygnował z przewodniczenia Radzie. 17 września 2017 r. nowym Prymasem Rady został abp Augustín Bačinský. Po jego śmierci następcą został abp dr Leonardo Beg.
Założenia doktrynalne Światowa Rada Narodowych Kościołów Katolickich pierwotnie buła formą federacji organizacji kościelnych, które wyznają katolickie prawdy wiary oparte na siedmiu pierwszych Soborach Chrześcijańskich. W swojej liturgii posługiwała się językiem narodowym, a w realizacji misji podkreślają w sposób charakterystyczny powiązanie z kulturą narodową. Członkowie WCNCC sprzeciwiali się kapłaństwu kobiet w kościele, czy udzielaniu błogosławieństw dla par homoseksualnych – ich zdaniem Światowa Rada Narodowych Kościołów Katolickich, stawała się więc alternatywą dla Unii Utrechckiej Kościołów Starokatolickich. Wierni zrzeszeni w kościołach WCNCC oddawali najwyższą cześć oddają Bogu, wyznając wiarę w realną obecność ciała i krwi pańskiej w Eucharystii, zaś komunia była udzielana pod dwiema postaciami: chleba i wina.