Uniwersytet w Würzburgu W 1885 roku, Fischer został profesorem Uniwersytetu w Würzburgu i Knorr podążył w jego ślady zostając profesorem pomocniczym. Knorr opisał okres pracy na tym uniwersytecie jako najprzyjemniejszy i najbardziej produktywny okres swojego życia. Reakcje acetoacetatu etylu z wieloma innymi substancjami stały się głównym tematem jego pracy. Po śmierci Johanna Geuthera w 1889, Uniwersytet w Jenie poszukiwał nowego profesora i do Würzburga wysłano Ernsta Haeckela, aby sprawdził czy Knorr nadaje się na to stanowisko.
Uniwersytet w Jenie thumb|400px|left|Tautometryczne formy acetoacetatu etylu (R = metyl, R' = etyl) Knorr został profesorem na Uniwersytecie w Jenie w roku 1889. Przez kolejne dwa lata, zaplanował i zbudował nowe laboratorium pozwalające przeprowadzać jego badania. Jego uwaga stopniowo przenosiła się ze struktur pyrazolu na bardziej ogólną koncepcję tautomeryzmu. We współpracy z kilkoma innymi chemikami, Knorr udowodnił twierdzenie, że acetoacetat etylu istniał w formach Keto-enolowych.