W 1993 był współzałożycielem stowarzyszenia Bezpartyjny Blok Wspierania Reform. W 2000 objął mandat posła na Sejm III kadencji, zajmując miejsce zmarłej Franciszki Cegielskiej z AWS. W 2001 poparł powstanie Platformy Obywatelskiej, po słabym wyniku w prawyborach nie ubiegał się o reelekcję.
W 2002 objął funkcję dyrektora w Fundacji Centrum Solidarności, a od 2006 także radnego Gdańska z ramienia PO (w 2006 wstąpił do tej partii). Zasiadał w radzie nadzorczej Instytutu Lecha Wałęsy.
W przedterminowych wyborach parlamentarnych w 2007 bez powodzenia kandydował do Sejmu z listy PO w okręgu gdańskim. 20 października 2010 złożył ślubowanie poselskie, zajmując miejsce po Sławomirze Nowaku, który objął stanowisko sekretarza stanu w Kancelarii Prezydenta RP. W wyborach w 2011 z powodzeniem ubiegał się o reelekcję, otrzymując 10 504 głosy. W wyborach w 2015 po raz czwarty został posłem, uzyskując 16 931 głosów. W 2019 również uzyskał mandat poselski, otrzymując 5491 głosów.
W 2023 ukazała się książka Sierpień’80 rozpoczął Jerzy Borowczak – wywiad rzeka z Jerzym Borowczakiem, który przeprowadziła Beata Gołembiowska. W wyborach w tym samym roku nie został wybrany do Sejmu kolejnej kadencji (otrzymał 4203 głosy).