Podczas prac nad budynkiem Schlüter dał się poznać jako dobry rzeźbiarz – stworzył między innymi 22 rzeźby głów umierających wojowników na dziedzińcu oraz liczne kamienne dekoracje – jednak jego rola jako architekta była raczej niewielka. Pewnego razu zauważył na budowanym gmachu wady konstrukcyjne, co doprowadziło do wszczęcia dochodzenia w sprawie zaniedbań. Jednak nie mogło to zapobiec zawaleniu się filara wschodniego skrzydła budynku, które nastąpiło 5 sierpnia 1699 roku. Częste zmiany architektów pracujących przy inwestycji spowodowały, że ustalenie winnego zaniedbań okazało się niemożliwe. Następcą Schlütera został Jean de Bodt, który po przejęciu projektu jesienią 1699 roku wprowadził niezbędne środki bezpieczeństwa na budowie i zmienił stare plany. W 1706 roku na ukończonym głównym portalu arsenału umieszczono popiersie Fryderyka I (w 1701 roku Fryderyk III koronował się na króla Prus i przyjął imię Fryderyk I). Ogromne wydatki związane z budową doprowadziły do niedoboru finansowego, co z kolei powodowało liczne opóźnienia prac budowlanych. Po śmierci Fryderyka I w 1713 roku budowa została wstrzymana na wiele lat, gdyż jego syn Fryderyk Wilhelm I z rygorystyczną surowością pilnował tego, aby nie nadwyrężać budżetu państwa.