Bardzo niewiele leków wchłania się całkowicie, z reguły na tym etapie występują największe straty.
Stopień wchłaniania leku zależy od: drogi podania, właściwości fizykochemicznych leku, właściwości postaci leku (postacie o kontrolowanym uwalnianiu substancji czynnej) wielkości podanej dawki. obecności pokarmu w przypadku podania per os powierzchni w przypadku podania na skórę
O szybkości wchłaniania decyduje szybkość rozpuszczania substancji czynnej w płynach ustrojowych, która zależy m.in. od wielkości cząsteczki i pH środowiska.
Substancje silniej zjonizowane wchłaniają się wolniej i w mniejszym stopniu. Ładunek utrudnia bowiem przenikanie przez membrany biologiczne. Stopień jonizacji zależy z kolei od pH środowiska – leki będące substancjami o charakterze kwasowym są silniej zjonizowane w środowisku zasadowym, jakie panuje np. w jelitach. Po podaniu doustnym, będą się więc lepiej wchłaniały w żołądku, gdzie pH jest kwasowe i lek występuje w formie słabo zjonizowanej, niż w jelitach. Leki będące zasadami – przeciwnie, lepiej wchłaniają się w jelitach niż w żołądku. Na wchłanianie mają więc duży wpływ lokalne zmiany pH w przewodzie pokarmowym, wywołane np. spożytym pokarmem.