Kudera wprowadził zmiany do pierwotnego projektu, m.in. redukując boczne aneksy i wieżę.
25 października 1919, jeszcze podczas budowy kościoła, kardynał Aleksander Kakowski erygował, z ważnością od 1 listopada, parafię Najświętszego Serca Pana Jezusa.
Nuncjusz papieski Achille Ratti interesował się postępem prac w czasie budowy bazyliki, a po zostaniu papieżem – jako Pius XI – 23 sierpnia 1923 nadał tytuł bazyliki mniejszej. 16 września tego samego roku Aleksander Kakowski dokonał jej konsekracji.
Po śmierci Hugona Kudery (1931) prace projektowe nadbudowy zakrystii na pomieszczenia mieszkalne dla księży wykonał Andrzej Boni.
Od 1931, zgodnie z wolą fundatorki kościoła, opiekę nad nim zaczęli pełnić i pracę duszpasterską prowadzić salezjanie.
W czasie II wojny światowej bazylika uniknęła większych zniszczeń. W 1965 została wpisana do rejestru zabytków.
8 czerwca 1991 podczas IV podróży apostolskiej papież Jan Paweł II otworzył w bazylice obrady II Synodu Plenarnego Kościoła w Polsce. W 2018 świątynia została ogłoszona sanktuarium diecezji warszawsko-praskiej.