Napisał kilka monografii botanicznych, w których opisy rodzin roślin rozszerzał o informacje z zakresu anatomii, łącznie z embriogenezą. W swoich pracach kontynuował dzieło swojego ojca i jego stryja w zakresie teorii taksonomii roślin. Zredagował również pośmierte wydanie „Introductio in historiam plantarum” autorstwa ojca. Jego podręcznik „Botanique. Cours élémentaire d'histoire naturelle à l'usage des collège” miał kilkanaście wydań. Był jednym z trzech podręczników przyrodoznawstwa zatwierdzonych przez francuskie autorytety naukowe do stosowania w szkołach. W 1849 został przetłumaczony na język polski przez Chałubińskiego pod tytułem „Wykład początków botaniki” i ta wersja uchodziła wówczas za najnowocześniejszy, a przez kolejną połowę XIX wieku za najważniejszy polskojęzyczny podręcznik botaniki. W systemie International Plant Names Index opisane przez niego gatunki są oznaczane skrótem A.Juss. W 2021 w bazie tego systemu znajdowało się 1070 taksonów, których był autorem nazwy. Współpracując z Adolphem Brongniartem rozbudował kolekcję ogrodu botanicznego. Jego księgozbiór został po jego śmierci wystawiony na aukcję.