W styczniu 2003 przed rozpoczęciem fazy Clausura Pérez dość niespodziewanie odszedł do CF Monterrey i już wtedy wywalczył swoje pierwsze mistrzostwo Meksyku. W kolejnych sezonach Monterrey z Luisem w składzie grało już słabiej: w 2003/2004 nie wyszło do play-off w Apertura ani Clausura, a w 2004/2005 doszło do finału Apertura (dwie porażki z Pumas UNAM) i do ćwierćfinału w Clausura. Podobnie było w sezonie 2005/2006, gdy Pérez wraz z kolegami klubowymi poniósł porażkę w finale Apertura z Deportivo Toluca, a Clausura w ogóle nie wyszedł z grupy. Sezon 2006/2007 również nie był udany: Apertura – ćwierćfinał, Clausura – faza grupowa.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1999/00 Club Necaxa
Liga MX
2000/01 Club Necaxa
Liga MX
2001/02 Club Necaxa
Liga MX
2002/03 Club Necaxa
Liga MX
2002/03 CF Monterrey
Liga MX
2003/04 CF Monterrey
Liga MX
2004/05 CF Monterrey
Liga MX
2005/06 CF Monterrey
Liga MX
2006/07 CF Monterrey
Liga MX
2007/08 CF Monterrey
Liga MX