29 kwietnia 1796 został skazany przez na pięć lat i wieczyste wygnanie z departamentu Holandii i Zachodniej Fryzji za popieranie dynastii orańskiej.
thumb|Mapa Haarlemu (1700-1800) thumb|left|Amsterdam, rysunek C.L. Hansena, 1806 Pod koniec 1799 został zwolniony z więzienia i osiadł w Utrechcie, gdzie pracował jako księgarz i zajmował się pisaniem. W 1800 wydał i rozprowadził antyrewolucyjny prospekt, za co został ukarany grzywną w wysokości 150 guldenów. Po roku 1801 sytuacja polityczna w Republice Batawskiej zmieniła się dla oranżystów; mogli wrócić na dawniej zajmowane stanowiska administracyjne, zniesiono restrykcje i uchylono wyroki skazujące za dawne spory polityczne, w tym wyrok Cornelisa van der Aa.
Znaczącą część twórczości poświęcił biografiom członków rodu Orańskiego-Nassau, które opublikował w pierwszych latach XIX wieku. W przedmowie do Geschiedenis der Vereenigde Nederlanden en derzelver buitenlandschen bezittingen, wydanej w 1804, zasugerował, że odważył się na druk dopiero po 1802 w obawie przed nowymi karami. W 1807 przeniósł się do Amsterdamu. Ostatnie osiem lat życia poświęcił pisaniu dzieł historycznych.