Turcy splądrowali kompleks powodując znaczne zniszczenia zabudowań klasztornych.
Znaczna część mozaik została zniszczona lub poważnie uszkodzona podczas trzęsienia ziemi w 1881, w tym znajdująca się na pierwotnej kopule mozaika przedstawiająca Pantokratora.
W 1990 roku został wpisany wraz z klasztorami Dafni i Osios Lukas na listę światowego dziedzictwa UNESCO.
Kompleks klasztorny mały|Klasztor Nea Moni Oprócz kościoła klasztornego w skład kompleksu klasztornego wchodzą refektarz i sklepione cysterny na wodę, a także ossuarium – kaplica ze szczątkami ofiar rzezi z 1822. Dzwonnica została wzniesiona po trzęsieniu ziemi. W narteksie kościoła zachowały się freski. Najważniejszymi dziełami sztuki są jednak mozaiki, które przetrwały trzęsienie ziemi w 1881 i zachowały się w dobrym stanie do dziś.
Mozaiki w narteksie przedstawiają dwudziestu ośmiu świętych czczonych na Chios. Po bokach przedstawiono sceny umywania nóg apostołom i zdrady Judasza. W kopule mieścił się niegdyś cały cykl Życie Jezusa, lecz trzęsienie ziemi przetrwały tylko mozaiki Chrzest, Ukrzyżowanie, Zdjęcie z Krzyża i Zmartwychwstanie oraz wizerunki ewangelistów Marka i Jana.