Pełny w sukcesy dla Castillo był także rok 2005, kiedy to sięgnął z Olympiakosem po dublet: mistrzostwo i Puchar Grecji, a osiągnięcie to powtórzył także w 2006 roku. W sezonie 2006/2007 osiągnął jeszcze lepszą formę, a przede wszystkim skuteczność. Z 12 bramkami na koncie stał się drugim po Rivaldo (17 bramek) strzelcem zespołu i trzeci raz z rzędu zdobył mistrzostwo Hellady.
Latem 2007 za 15 milionów euro Castillo przeszedł do Szachtara Donieck, z którym podpisał 3-letni kontrakt, lecz nie sprawdził się tam i wpadł konflikt z trenerem ukraińskiego zespołu, ponieważ dwukrotnie bez polecenia podszedł do jedenastki, którą miał strzelać Cristiano Lucarelli. Władze Szachtara zdecydowały w 2008 roku wypożyczyć swojego zawodnika do angielskiego Manchesteru City na pół roku. W Premiership zadebiutował 12 stycznia w przegranym 0:1 wyjazdowym spotkaniu z Everonem. 30 lipca 2009 ponownie został wypożyczony, ale już do Dnipra DniepropetrowskUA-Футбол. Нери Кастильо – в „Днепре”.. 18 lipca 2010 również na zasadzie wypożyczenia zasilił Chicago Fire. W styczniu 2011 został wypożyczony na pół roku do greckiego klubu Aris FCUA-Футбол. Нери Кастильо перешел в „Арис”., a w czerwcu został wykupiony przez Greków. W latach 2012-2013 grał w Pachuce, skąd w 2013 roku był wypożyczony do Club Leon.