Ignacego Paweł III wydał list zakazujący jezuitom sprawowania opieki nad zgromadzeniami żeńskimi.
Joanna chciała wstąpić do jezuitów, zakonu męskiego, ze względu na ambicje. Poinformowała o tym św. Franciszka Borgię, wiceksięcia Nawarry i jednego z pierwszych jezuitów. Zrobiła to w tajemnicy przed ojcem i bratem – byliby oni temu z pewnością przeciwni, gdyż jej wstąpienie do zakonu uniemożliwiłoby kontynuowanie korzystnej dla Habsburgów polityki dynastycznej. Sytuacja jezuitów w Hiszpanii, inaczej niż w Portugalii, była wtedy trudna – znajdowali się oni w konflikcie z potężnym zakonem dominikańskim, a różnorodne ataki polityczne utrudniały normalny rozwój Towarzystwa. Dlatego też zgodzili się na pomysł hiszpańskiej regentki, uzyskując dzięki temu jej poparcie polityczne – ze względu na niecodzienny charakter faktu wstąpienia kobiety do zakonu męskiego i prawdopodobny gniew rodziny aż do jej śmierci pozostało to jednak w sekrecie.
Pomysł był otoczony ścisłą tajemnicą, w korespondencji pomiędzy jezuitami księżniczka nie występowała nigdy pod swoim imieniem, ale pod pseudonimem "Mateo Sanchez" albo "Montoya". Św.