Islam postrzegano wówczas jako wyznanie sprzyjające rozwojowi gospodarki Państwa Środka.
Wraz z nastaniem dynastii Ming, wprowadzeniem restrykcji wobec małżeństw mieszanych oraz przeniesieniem stolicy z Nankinu do Pekinu, znaczenie i spójność środowiska muzułmańskiego nieco się osłabiło. Ostatecznie doprowadziło to jednak do rozprzestrzenienia islamu na jeszcze szersze obszary.
Początek dynastii Qing wiąże się z rozwojem muzułmańskich szkół i działalności intelektualnej tej społeczności. W tym okresie nastąpiło też najsilniejsze mieszanie się islamu z najgłębszymi warstwami chińskiej kultury.
W 1911 roku, gdy Chiny przekształciły się w republikę, muzułmanie stali się kartą przetargową w politycznej rywalizacji elit rządzących. Był to także czas najsilniejszych prześladowań i dyskryminacji wyznawców tej religii.
Za czasów rewolucji kulturalnej islam utracił swą silną pozycję. Zniszczono wiele meczetów, zamknięto szkoły koraniczne i zakazano nauki religii wśród muzułmańskich dzieci.