Dong et al. w 1983 roku opisali trzy kolejne gatunki czungkingozaura, które nie zyskały osobnych nazw, lecz zostały oznaczone jako Chungkingosaurus sp. 1–3. Chungkingosaurus 1 o oznaczeniu CV 00207 opisany został na podstawie bloku biodrowo-krzyżowego i niekompletnych kości kulszowych. Chungkingosaurus 2 oznaczony CV00205 opisano w oparciu o 4 kręgi ogonowe, uszkodzony kręg krzyżowy, prawą kość ramienną, obie kości udowe oraz niezidentyfikowane fragmenty należące do tego osobnika. Chungkingosaurus 3 oznaczony jako CV00208 został opisany na podstawie znalezionych 10 tylnych kręgów ogonowych z szewronami oraz sześciu kolców ogonowych.
W 2006 roku Sussanah Maidment i Wei Guangbiao uznali czungkingozaura za ważny takson, mimo że znacznej części materiału nie można było już zlokalizować. Okaz CV00207 został uznany za jeden z dwóch ważnych taksonów jurajskich stegozaurów z Chin. W 2010 roku Gregory S. Paul zasugerował hipotezę, jakoby czungkingozaur miał być tak naprawdę młodym osobnikiem tuodziangozaura.
W 2014 roku Roman Ulansky nazwał CV 00205 Chungkingosaurus giganticus, a CV 00207 Chungkingosaurus magnus.