Wczesnym rankiem 1 września 1939 r. aresztowano ks. Bronisława Komorowskiego. Razem z innymi Polakami poprzez Victoriaschule trafił do obozu koncentracyjnego w Stutthofie. Kościół zamieniono na halę samochodową – wojskową. Część wyposażenia kościoła i plebanii zniszczono, część rozdzielono do innych kościołów. Przy likwidacji wyposażenia miał być obecny ówczesny dziekan, proboszcz Gwiazdy Morza w Sopocie ks. Paul Schütz. W parafii Gwiazdy Morza przechowały się m.in.: komplet szat liturgicznych koloru złotego, który został zakupiony na prymicje ks. dra Antoniego Liedtke z Pelplina, figura św. Antoniego, Matki Bożej, relikwiarz bł. Bronisławy oraz marmurowa tablica pamiątkowa. To wszystko po roku 1972 wróciło do kościoła św. Stanisława. Naczynia liturgiczne, które zostały przekazane do któregoś z kościołów, nigdy już się nie odnalazły.