Po upadku powstania został wraz z żoną Haliną i córką Joanną ewakuowany do Ojcowa pod Krakowem.

Okres powojenny Od stycznia 1945 pracował jako sekretarz ds. propagandy Okręgowego Komitetu Związków Zawodowych w Krakowie.

W czerwcu 1945 wyjechał na Śląsk, gdzie organizował odbudowę zakładów przemysłowych. Po wojnie utrzymywał kontakty z niemieckimi anarchosyndykalistami. W 1947 wstąpił do PPR, a następnie do PZPR. W latach 1948–1950 urzędnik w Ministerstwie Ziem Odzyskanych. Represjonowany, w 1950 wykluczony z PZPR z powodu tzw. odchyleń anarchistycznych. W 1953 przebywał w więzieniu bez wyroku. Pracował w Domu Słowa Polskiego i w Państwowej Centrali Handlu Książkami „Dom Książki” w Warszawie. Odmawiał przyjęcia orderów i honorowych odznaczeń. Zmarł 3 lutego 1977 w Warszawie i został pochowany na Powązkowskim Cmentarzu Wojskowym.

Pilarszczyzna Od 2004 roku w Raciborzu organizowana jest cykliczna impreza pod nazwą Pilarszczyzna, ku pamięci Tomasza Pilarskiego. W ramach spotkań odbywają się wykłady na temat historii ruchu robotniczego i anarchosyndykalizmu, aktualnych wydarzeń polityczno-społecznych, oraz projekcje filmów zaangażowanych społecznie, targi prasy niezależnej i koncerty.

Przypisy