Fabuły poszczególnych kampanii są ze sobą ściśle powiązane, tak że rozegranie ich we właściwej kolejności ukazuje spójny i ciągły scenariusz, choć odkrywany i przedstawiany za pomocą fragmentów filmowych z perspektyw poszczególnych ras.
W pierwszej części gracz wciela się w rolę dowódcy wojsk Konfederacji Terran, szybko jednak przechodzi na stronę quasi-partyzanckiej organizacji o nazwie Sons of Korhal, której dowódcą jest Arcturus Mengsk. Jest to początek wielkiego konfliktu pomiędzy trzema rasami występującymi w StarCrafcie.
W drugiej kampanii gracz zostaje jednym z "Cerebrates" (pol. Celebratów), dowódców poszczególnych rojów zergów, podlegających bezpośrednio nadrzędnemu umysłowi, Overmindowi (pol. Nadswiadomości). Zostaje tu rozwinięty wątek walki pomiędzy zergami a protosami, który trwa praktycznie do końca podstawowej wersji gry.
Trzeci epizod zostaje poświęcony rasie protosów. Tym razem gracz zostaje jednym z nowych Egzekutorów (ang. Executor), który ma zastąpić Tassadara, oskarżonego przez Konklawe (forma rządu protosów) o współpracę z Mrocznymi templariuszami, którzy zostali wygnani dawno temu z rodzimej planety protosów, Aiur.