Gracze mogą kontrolować ograniczoną liczbę jednostek – nie może przekroczyć 200, gdyż jest to limit nałożony przez programistów. Wyjątek stanowią niektóre misje kampanii, gdzie gracz ma możliwość kontrolowania dwóch baz różnych ras (podczas gry protosami w dodatku Brood War można grać wszystkimi trzema rasami przy użyciu zdolności jednostki Dark Archona – Mind Control. Wtedy też można mieć więcej niż 200 jednostek, gdyż limit jest liczony osobno dla każdej rasy kontrolowanej przez gracza).
Każda jednostka w grze jest unikatowa – żadna nie ma swojego odpowiednika u innej rasy. Twórcy gry starali się zrównoważyć szanse wszystkich stron konfliktu i dzięki temu gra jest niezwykle wymagająca, gdyż jego jedyną przewagą nad przeciwnikiem są umiejętności, które musi rozwijać (zarówno w skali "mikro" jak i "makro", a więc umiejętności szybkiego i trafnego wydawania poleceń, poruszania się, budowania, itd.).