Poszczególne posterunki były silnie ufortyfikowane w celu odpierania możliwych ataków do czasu nadejścia posiłków. Dochodziło do nich często, np. do poł. kwietnia 1942 r. zginęło w nich 283 żandarmów, 192 zostało rannych, a 245 zostało uznanych za zaginionych, co stanowiło 10% całości sił żandarmerii. Pod koniec wojny formacja liczyła ok. 10 tys. ludzi w pięciu pułkach i szkole żandarmerii.
Skład organizacyjny dowództwa żandarmerii Komendant – gen. Milan Mizler, gen. Vilko Pečnikar, Zastępca – płk Mate Rupčić, Generalny Inspektor – płk Konstantin Pavić, Inspektor szkoły żandarmerii – płk Viktor Bek, Szef Oddziału Organizacyjnego – płk Viktor Mohr, Szef Oddziału Osobowego – płk Zlatko Obertynski, Szef Oddziału Administracyjnego – płk Ivan Oljača, Szef Oddziału Bezpieczeństwa – płk Simun Blažević, Szef Oddziału Służb – płk Stjepan Toma.
Skład organizacyjny Żandarmerii NDH 1 Pułk Żandarmerii – Zagrzeb, od maja 1942 r. Sisak 2 Pułk Żandarmerii – Knin 3 Pułk Żandarmerii – Banja Luka 4 Pułk Żandarmerii – Sarajewo, od pocz. 1942 r.