Tego samego roku jeszcze wojska sowieckie na skutek zawartego układu ustąpiły z Wilna (miasto zostało przekazane Litwinom), i oboje powrócili do Czarnego Boru, gdzie mieszkali aż do 1944 r.
W zmienionej sytuacji politycznej, w latach 1939–1940 Barbara Toporska pracowała dla Gazety Codziennej, na której wydawanie w Wilnie otrzymał koncesję Józef Mackiewicz. Kiedy w czerwcu 1940 roku Armia Czerwona ponownie wkroczyła do Wilna, oboje wycofali się z aktywnego życia dziennikarskiego i politycznego, utrzymując się głównie z wyprzedaży rzeczy.
Na emigracji W maju 1944 r. Barbara Toporska i Józef Mackiewicz uciekając przed zbliżającym się frontem wyjechali z Wilna do Warszawy. Tuż przed wybuchem powstania warszawskiego wyjechali do Krakowa. W styczniu 1945 r. udało im się dotrzeć do Wiednia, gdzie niespodziewanie otrzymali pomoc od uciekających przed komunizmem Tatarów w postaci dwóch miejsc w „tatarskim” pociągu ewakuacyjnym, którym dojechali aż do Mediolanu. W maju, już po ustąpieniu Niemców z Włoch, Barbara Toporska i Józef Mackiewicz przenieśli się z Mediolanu do Rzymu. Tam oboje na dwa lata ściśle związali się z polskim II Korpusem. Toporska pracowała wtedy w redakcji Orła Białego.