Po śmierci Schwarza Muzeum przeszło trudny okres transformacji; jednak udało się zachować unikalny charakter, jednocześnie dynamizując działalność. Muzeum każdego roku odwiedzają dziesiątki tysięcy osób z wielu zakątków świata, nie tylko żydowskiego pochodzenia, młodych i starszych, a muzeum stało się częścią polskiego i żydowskiego kulturalnego pejzażu Krakowa.
Ostatnie lata życia Schwarz poświęcił fotografowaniu i ocalaniu śladów żydowskiego życia, które wciąż można odnaleźć w polskiej Galicji. Dzięki swojej kreatywności i otwarciu na świat potrafił jednoczyć ludzi, dając im możliwość ponownej interpretacji historii i moralnej odpowiedzialności.
thumb|right|Wnętrze muzeum
Działalność edukacyjna Żydowskie Muzeum Galicja prowadzi wszechstronną działalność edukacyjną, przekazując wiedzę o historii i kulturze Żydów w przystępny sposób. Misją instytucji jest pokazanie bogatej polsko-żydowskiej historii w szerszym kontekście.